En 1959 Don Wigberto Jiménez Moreno fundó el Departamento de Investigaciones Históricas, mismo que se convertiría en Dirección veinte años más tarde. El anexo al Castillo de Chapultepec fue la sede de la DEH hasta el año 2000, cuando se mudó a sus oficinas actuales de Tlalpan. El Mtro. Manuel Arellano, la Dra. Betriz Braniff, la Dra. María Antonieta Cervantes, la Mtra. Josefina González, la Mtra. Isabel González, la Mtra. María Teresa Huerta, la Mtra. Celia Maldonado, la Dra. Eugenia Meyer, la Mtra. Alicia Olivera y la Mtra. María de la Luz Parcero fueron los investigadores fundadores, quienes se dedicaron en aquellos años principalmente al estudio de la historia prehispánica.
En 1971 el Dr. Enrique Florescano fue nombrado director del Departamento y fundó una serie de seminarios temáticos que, por años, indicarían las líneas de investigación que han caracterizado a la DEH. Entre los seminarios se cuentan los siguientes: Historia de la Cultura; Historia de la Formación de Grupos y Clases Sociales; Seminario de Cambios Socioeconómicos; de Historiografía Política; de Historia de la Agricultura; de Desarrollo Económico; de Historiografía Social; de Historia de las Mentalidades; seminario de Historia Urbana; seminario de Historia del Arte.
Durante la década de los setentas y hasta mediados de la década de los ochentas, la DEH vio crecer notablemente el número de investigadores y seminarios, llegando a contar con alrededor de 90 investigadores. El seminario de historia oral, el de inmigrantes y el de historia de las mujeres, son ejemplo de esta segunda oleada que incorporó nuevos temas a los que ya se desarrollaban.
Entre 1983 y 1984 la dirección estuvo a cargo de Francisco Pérez Arce. En ese período, a las labores de investigación la DEH sumó las de difusión. De esos años data, del mismo modo, la organización en dos áreas: la de Historia colonial y del siglo XIX, por un lado, y la de Historia Contemporánea, por otra, vigentes hasta hoy.
Entre 1985 y 1989 fue Teresa Franco la directora de la DEH. Los terremotos de septiembre casi inauguraron su gestión y convocaron a los investigadores a una vinculación inédita hasta entonces con la ciudadanía damnificada de la ciudad. En esos años se terminó una primera versión, más o menos acabada, del reglamento interno. Este contempla figuras de decisión tales como los Consejos Académicos de Area, el Consejo Técnico, las Comisiones Editorial, de Admisión y Evaluación, y la Asamblea General.
De 1989 a 1995 fue director Antonio Saborit. La vida académica de la dirección fue muy activa, lográndose la coordinación de proyectos de investigación colectiva como el de Papeles de Familia, entre otros.
De 1995 al 2001 la Dirección estuvo a cargo de Salvador Rueda Smithers. A partir de una revisión del reglamento interno, se introdujo la modalidad de participación de los investigadores a través de proyectos individuales y la disolución de los seminarios como instancia de votación en la toma de decisiones colectivas. Paralelamente empezaron a proliferar talleres, seminarios y actividades académicas que vinculan transversalmente a investigadores con objetivos específicos. Esto último, así como el desarrollo óptimo de la labor de investigación ha tenido lugar, sin duda, gracias a la comodidad, funcionalidad y belleza de las instalaciones que se lograron durante esta gestión.
Entre el 2002 y el 2007 la Dirección fue presidida por la Lic. Ruth Arboleyda Castro.
De 2007 a 2010 el director fue el Dr. Arturo Soberón Mora.
De 2010 a 2013 la Dirección estuvo a cargo de la Dra. Inés Herrera Canales.
Del 2013 al 2016 nuestro director fue el Mtro. Luis Barjau.
Del 2017 al 2019 la directora fue la Mtra. María Eugenia del Valle Prieto.
Del 2020 a la fecha la Dirección está a cargo de la Dra. Delia Salazar Anaya.
